L'IDECE, organisme autònom depenent del Departament de Política Territorial i Obres Públiques, ofereix de manera gratuïta i immediata el servei de desinfecció d'embarcacions. Els usuaris només han d'avisar telefònicament de l'entrada o sortida d'una embarcació al riu, i tècnics de Copisa, empresa encarregada del servei, acudeixen per carretera a l'embarcador en qüestió per tal de dur a terme les tasques de desinfecció amb una unitat mòbil. En total, són cinc els embarcadors del tram català de l'Ebre habilitats per a l'entrada i sortida d'embarcacions –Móra la Nova, Móra d'Ebre, Xerta, Tortosa i Amposta-. La desinfecció es fa a través de la neteja de l'embarcació amb aigua a pressió a una temperatura de seixanta graus. De fet, amb aigua a trenta graus el musclo zebrat i les seves larves ja moren, però la neteja es fa a major temperatura per assegurar un òptim resultat. En la desinfecció es netegen l'embarcació i el seu motor –en el cas que en tingui-, però també els rems o les canyes de pescar, per garantir que aquestes eines no tenen cap larva que es pugui alliberar a l'aigua. Aquest control es fa a tot tipus d'embarcacions que entrin i surtin del riu, ja que el musclo zebra afecta tant a vaixells a motor com a piragües o altres tipus d'embarcacions. 'Totes les embarcacions estan obligades a desinfectar-se', ha explicat Joan Carles Alemany, responsable de Gestió Econòmica i Via Navegable de l'Ebre de l'IDECE. Tot i així, fins ara aquesta neteja de les embarcacions no s'havia controlat totalment, i durant el 2007 només se'n van desinfectar 50. Així, ha afegit Alemany, 'el Govern s'ha posat seriós amb aquest problema', pel qual els responsables de la vigilància de la navegabilitat per l'Ebre demanen a totes les embarcacions que naveguen un document que acrediti que han estat desinfectades prèviament. La mateixa empresa encarregada de dur a terme la desinfecció lliura aquest document als propietaris de les embarcacions quan aquestes són netejades, tant en entrar com en sortir del riu. El document inclou la matrícula de l'embarcació i el dia, hora i embarcador on aquesta ha estat desinfectada. Per tal d'assolir un control rigorós, tant les tres embarcacions de l'IDECE que constantment naveguen pel riu –com a mesura de vigilància i per al manteniment del tram- com diversos agents que encara estan per determinar, exigiran aquest document a les embarcacions que estiguin a l'aigua. En el cas que una embarcació no disposi de la certificació, l'IDECE la retirarà del riu i procedirà a desinfectar-la, així com informarà al respecte a l'Agència Catalana de l'Aigua. El responsable de Gestió Econòmica i Via Navegable de l'Ebre de l'IDECE ha concretat que l'Institut preveu que enguany augmenti el nombre d'embarcacions a desinfectar, ja que han detectat una major presència d'embarcacions de pescadors al riu, molts dels quals compten amb barques que amb anterioritat han estat en altres rius. El musclo zebrat, més present al tram alt català del riu El musclo zebrat és un mol·lusc bivalve que està considerat com una de les cent espècies invasores més perjudicials del món, i el trànsit fluvial n'afavoreix la seva reproducció, ja que els musclos i les seves larves viatgen enganxats als vaixells. Un dels principals perjudicis que ocasiona aquesta plaga és l'obstrucció de les canonades de reg i dels sistemes de canalització i refrigeració d'empreses com les centrals hidroelèctriques. En el darrer tram de l'Ebre, la presència del musclo zebrat és més nombrosa a l'embassament de Mequinensa (a la Franja de Ponent), on es duen a terme controls exhaustius a càrrec de la Guàrdia Civil i on hi ha una unitat fixa de desinfecció, i al pantà de Riba-roja d'Ebre (Ribera d'Ebre). De fet, en aquest darrer pantà es va haver de desinfectar un llagut que duia a sobre una tona de musclo zebrat. A la resta del tram català del riu, les poblacions del mol•lusc són menors, de manera que la desinfecció d'embarcacions es fa com a mesura preventiva davant la possible presència de larves.